１３話〜２５話までを収録。この巻と１巻に収録されている話をまとめて「学園編」と呼ぶ。
表紙イラストは全て原作者書き下ろし。毎巻の最後に原作者の後書きがあるのも嬉しい。
初期は基本的に１話完結という方式が取られていたが、 １３〜２０話で初めて長めのストーリーが展開された。
このストーリーで登場するシャーディーの存在には謎が多く、結局最後まで読者を悩ませることとなる。
また、１巻で登場した海馬瀬人の弟・モクバが２４話で初登場。この頃は兄同様・どうしようもない悪人だった。
表紙イラストは闇遊戯。深く厚みのある画風が、彼の印象を大きく変えている。
・あらすじ・
千年パズルを完成させてから、多くの友達に恵まれるようになり喜ぶ遊戯。しかし、時たまに記憶が飛んでしまうことを不可解かつ不安に思っていた。
そんなある日、遊戯達は祖父・双六の友人である考古学者の吉森教授から、美術館で開かれている「古代エジプト展」へと招待される。
そこで出会った美術館の館長・金倉に頼まれた遊戯は、千年パズルを一日だけ展示物として貸すことに。
パズルが手元にないことで少し気を落とす遊戯。そんな中、彼は王のミイラを見て涙を流す奇怪なエジプト人と出会う。
そのエジプト人…シャーディーは、王の墓を暴いた金倉達を裁くためにエジプトからやってきた使徒だった。
遊戯の持つパズルと同じ千年アイテム「千年錠」「千年秤」を持つ彼は、千年パズルを解いた者が遊戯と知り驚愕する。
パズルが遊戯にどんな力を与えたのか探るため、千年錠の力で遊戯の心の中へと入るシャーディー。
彼が目にしたのは二つに分かたれた「心の部屋」と、遊戯の心に潜む「もう一人の遊戯」だった…。
