自然のままに生まれた人間「ナチュラル」の地球連合軍と受精卵の段階で遺伝子操作されて生まれた人間「コーディネイター」のZAFT軍の戦争を舞台に苦しみや悲しみを経験しながら戦う主人公らの姿を描いていく話です。
コーディネーターの主人公「キラ・ヤマト」はZAFTにも地球連合にも属さない中立コロニー『ヘリオポリス』（コロニー＝宇宙空間に作られた人工の居住地）で、極秘に地球軍が開発した新機動兵器をZAFTが奪取しようとしている現場に居合わせたことから、偶然その新機動兵器「通称：ガンダム」に乗りZAFTと戦うことになってしまう。
