ウェールズの小島からイギリスへ渡ったジェイコブとエマ(奇妙な力を持つピキューリア)たちは、ハヤブサに変身したまま人間に戻れなくなったミス・ペレグリンを助けるため、ロンドンへと向かう。しかし、ロンドンに存在するタイムリープは怪物たちにことごとく襲撃され跡形もなくなっていた。すでに「虚ろな街」と変わる果てたロンドンで、ジェイコブとエマの新しい冒険が始まる！

第2作『虚ろな街』で、ミス・ペレグリンを救うばかりか、仲間たちを次々に見失ったジェイコブとエマは、ついに敵の要塞があるタイムループに潜入する。次々に襲い掛かる怪物たち、敵と味方が入り乱れる心理戦、時空を超えたジェイコブとエマの恋…。そして、「魂の図書館」での最終決戦の末、世界に平和は訪れるのか?傑作ダークファンタジーシリーズ、ついに完結！ 奇妙なこどもたち(ピキューリア)の魂を喰らおうとする非情な敵・コールの魔の手から逃れたジェイコブとエマ。満身創痍のなか、コールに連れ去られた仲間とミス・ペレグリンを追跡して、敵の要塞のあるタイムループへ潜入する。しかしそこで二人が目にしたものは、この世のものとは思えない荒廃したピキューリアの巣窟だった。

フロリダに住む孤独な少年ジェイコブ。彼の唯一の理解者が、古い写真とともに「おとぎ話」を聞かせてくれた祖父だった。ある日、祖父が「何か」に襲われ、凄惨な死を遂げる。ジェイコブは彼の最期の言葉に従い、ウェールズの島を訪れる。そこには「おとぎ話」通りに“同じ時間”を生きる奇妙なこどもたちと不思議な女性ミス・ペレグリンがいた。