ある朝、学校の理科準備室で桜井夏希が殺された。密室殺人だった。当日学校を休んでいた遠藤彼方は、友人の山崎快斗から事件の話を聞き、不謹慎ながら興味を惹かれる。刑事である山本観月と柴田旭は捜査に乗り出し、被害者の父である桜井秋園もまた独自に犯人特定を急いでいた。事件が起きても日常は進む。彼方と快斗は、休日近藤此方と遊んだり、また彼方は翌週の放課後、恋人である久保詩織と談笑しながら下校する。しかし、そこで観月に声を掛けられたことから事態は急転する。次々と不審死を遂げる学校関係者。連続殺人犯と連続誘拐犯。六年前に起きた凄惨な事件とその被害者。全てに関与する一人の人間。夏希の死をきっかけに、あらゆる歪みが露呈する。これは、謎を解き、犯人を暴く物語――ではない。

手にした者に世界の終末を見せ、様々な能力を授ける装飾具『レヴェリー』。 　あらゆる異能力者たちが集まる〈協会〉では、生まれ続けるレヴェリー適合者の管理、そして排除を行っていた。 　両眼に義眼のレヴェリーを持つ少年・一ノ瀬唯兎は、チームを組む遠峰綺月、遥邑久狼と数々のレヴェリー遣いを排除し、任務に没頭していた。命と引き換えに能力を発動するレヴェリー遣いたちは、その全てが短命、もしくは身体的代償を捧げて生き長らえている。 　ある日、寿命も残りわずかとなった唯兎たちの前に、世界を破滅に導く危険を孕む『終末型』のレヴェリー適合者の少女が現れ──。