北斗伝説、再び!!魔都上海の騒乱より数年後の193X年。第2次世界大戦を目前に控えた世界情勢は混沌の一歩を辿っていた。伝授の儀を終えた第62代北斗神拳伝承者・霞拳志郎もまた、止められぬ歴史の渦に巻き込まれていく。北斗の宿命に導かれるが如く、獄都・蘭印（インドネシア）へと降り立つ拳志郎・エリカ・ヤサカ。人類の宝「希望の目録」を巡り新たな勢力との死闘が繰り広げられる。「北斗」と「希望の目録」をつなぐ新・北斗サーガ開幕!!

魔都上海で閻王と恐れられたひとりの拳法家がいた。彼は義と友を重んじる上海裏社会の組織“青幇”のため、敵対する“紅華会”の幹部を皆殺し、姿を消した。それから数年。清朝最後の皇帝・愛新覚羅溥儀は閻王を見つけ出し、禁衛隊に加えるため日本に向かっていた。その船には閻王を知る男、元青幇の李永健も毒見役として乗船していた。日本に着いた李は冴えない教師、霞拳志郎に出会う。そう拳志郎こそがかつて閻王と呼ばれた男であり、第62代北斗神拳伝承者だったのだ。李との再会を喜ぶ拳志郎だったが李のもたらした報せは衝撃的なものだった。上海で紅華会が力を盛り返し、青幇の幹部が皆殺しにされたというのだ。その中には拳志郎の親友、潘光琳そして彼の妹であり拳志郎が愛した玉玲もいた。拳志郎は亡き友、恋人のため再び地獄と化した魔都上海に戻ることを決意する。そこに運命と言える出会いや宿命の戦いが待ち受けていることを拳志郎は知る由もない。