呪物と化した九十九本の「針供養」を行う戀々。十二年前の事件を追う泰。二人が出会った時、針女の呪いが解き放たれる―― ふわりふわりと夜の学校を服が歩く。窓の外には漆黒の目をした女が浮かび…… ここは番町、武家屋敷の跡地。警察官の泰（たい）は、今春から番町署地域課の配属となった。同じく警察官だった父を十二年前の不可解な事件で失った彼は、「父の代わりに義母と義妹を守る」と決意を新たにしていた。そんな折、管轄内のバレエ教室で女児が斬り付けられる事件が発生。捜査に乗り出すと、そこにはひとりでに蠢く「青いチュチュ」と、白目のない真っ黒な目をした針女（はりめ）が。その瞬間、天狗のような出で立ちの少年・戀々（れんれん）が姿を現した。仏像を連想させる大男・安針（あんじん）とともに呪物と化した九十九本の「針供養」をし、針女を調伏するという。泰は戀々とともに、試着したまま花嫁が行方不明となった「白いウエディングドレス」や、着れば痩せると噂の「赤いワンピース」などの事件に次々と挑むようになる。やがて、番町で発生する数々の事件と十二年前の事件、さらには戀々の過去……これらすべてが針女の呪いによるものだと突き止めるのだが──過去の因縁と対峙する時、果たしてなにが起こるのか!?

20XX年。無法地帯となったシンジュクで殺されかけた元官僚の清高。目が覚めると、そこにいたのは中学時代の同級生だった那緒―― 清高には、モノ、特に「作品」に込められた思いを感じ取る能力がある。怨念、怒り。そういう負の感情に押しつぶされそうになることも、しばしばだった。そんな能力はいらない。そう思うのに、耳元には、何千羽もの羽虫がうごめくような、強烈で濁った「声」。殺される！　そう思って掴んだ手は……中学の同級生だった那緒。なぜ彼が、ここに？　昨夜はヨツヤで「とある交渉」をしていたはずだったが、その後の記憶がまったくない。那緒が清高を見かけたのは、シンジュク二丁目だったそうだ。そして彼が、清高を助けた。偶然とはいえ、運命的な再会。だが、ここ、那緒の家は治外法権のシンジュク旧カブキチョウ地区。那緒は裏社会とも繋がっているのか……？　関わらないほうがいい、そう思いながらも、清高はなりゆきで那緒の仕事を手伝うことに。「お祓い」に同行することになった清高は、シンジュクの廃ビルで、のどをかっ切られた男性の死体を発見する。死体は数年前から流行している『花葬病』の症状を示していた。

貧乏浪人の榊原隼人は、江戸の妖怪たちの間で有名な『あやかし長屋』に暮らしている。妖したちとは、持ちつ持たれつ―― 貧乏浪人の榊原隼人は、その日、同じ長屋に住む甚太の漕ぐ小舟に乗っていた。小名木川から大川を下っていて何枚もの浮世絵らしいものが流れてくるのを見つけた甚太と隼人。近づくと、大人気の写楽や歌麿の大首絵。これはおもしろいことになった、とさっそく長屋に持ち帰ることに。そんな二人を見つめるのは？　この長屋、じつは雪女が住み、付喪神、砂かけ婆や小豆とぎ、塗り壁、ろくろ首が空き部屋で寛ぐ『あやかし長屋』なのである。そんな『あやかし長屋』を眺める物の怪がいた。芝居役者・市之川雷十郎推しの河童である。隼人らが持っていった浮世絵は、この河童が大切にしていたものだった。だが、どう取り返せばいいのかわからない。逡巡していた河童は、流行りの屋台を出すことを思いつき――