長野県塩尻市・桔梗ヶ原学園。生徒たちがブドウ栽培からワインを瓶詰めにする工程までを実際に手がける、全国でも珍しい「ワイン醸造」を手がけるコースのある高校だ。　鎌倉から母親の実家がある塩尻に越してきたばかりの北村いちるは、イケメンの先輩に勧められて、軽い考えからコースを選択する。　学年一の優等生・百瀬結生子は、実家のワイナリーが倒産寸前であることを知り、自分がワイナリーを再建するため、医師になる道をあきらめて、ワイン醸造を学ぶ決意をする。　テニスに青春のすべてを賭けて打ち込んでいた奥沢美麓は、父が突然病に倒れてしまい、繁盛していたイタリアンレストランを閉店せざるをえなくなる。　落ち込む父をなんとかして励ましたいと考えた美麓は、ワインをこよなく愛する父のために、自分の手で最高のワインを作ろうと考え、コースを選択する。　三人の少女は、ワイン造りの名人と呼ばれる高山秀次郎の厳しくも温かい指導によって、ワインの奥深い魅力にどんどん引きこまれていく。　ときには激しくぶつかりあい、ときには支えあい、挫折をくりかえしながら、ひたすらワインづくりに没頭していく三人。　そんなワインガールズたちの情熱が、やがて「奇跡のワイン」を生み出すことになる……。