ある時、世界中の塔がダンジョン化した。 東京タワーも例に漏れずダンジョン（迷宮）化し、 変貌の時運悪くそこに居合わせた者たちはみな巻き込まれ、消息を絶った――。 会社員の許斐士郎も塔の迷宮化で家族を失いし者だった。 そんな彼の元へ、一人の見知らぬ女子高生・灯里が尋ねてくる。 彼女も迷宮に家族を飲み込まれた者であり、 その家族を捜索するため、一緒に迷宮へと潜って欲しいというのだが…… かくして、士郎は灯里と共に迷宮へと挑むことを決意するのだった。

ある時、世界中の塔がダンジョン化した。 東京タワーも例に漏れず迷宮（ダンジョン）化し、 変貌の時そこに居た者たちは巻き込まれ、消息を絶った。 会社員の許斐士郎も塔の迷宮化で家族を失っていた。 そんな彼の元へ、一人の女子高生が尋ねてくる。 彼女もまた家族を失っていたのだ。 曰く家族を捜索するため、一緒に迷宮へと潜って欲しいというのだった！ かくして、士郎は迷宮へ挑むことを決意するのだった。

ある日、世界中の塔は巨大なダンジョンと化した。 フランスのエッフェル塔、アメリカのワシントン記念塔、そして日本の東京タワー。 この変貌の瞬間に塔の内部にいた人々は、そのままダンジョンに呑まれ行方不明となってしまった。 その中には、いま目の前にいる高校生――星野灯里（ほしの　あかり）の家族も含まれていた。 そして士郎の妹である夕菜と両親も。 夕菜と親友だった灯里は、家族を探すため、田舎の祖父母のもとを離れ、たった一人で上京してきたのだという。 ほかに頼れる人間がいない中、ひとりぼっちで懸命に戦う灯里。 そんな彼女を手助けするため、そして行方不明の妹を探すため、士郎はダンジョンに挑むことを決意する。 平凡な会社員と高校生の生死を賭けたダンジョン探索が、ここに幕を開ける！ ※電子版は紙書籍版と一部異なる場合がありますので、あらかじめご了承ください