深怪究明団――現代に起こる怪異や不可解な事件の真相を追う若きグループ。吸血鬼退治、地球外生命体の暗躍、魔術儀式の阻止……数々の事件を解決してきた彼らは、結成1周年を目前に新たな危機に直面する。2023年5月24日、メンバーの秋山が謎のメッセージを残して失踪したのだ。残された小鳥遊と夜凪は、警察庁の羽川警部補から依頼された不可解な失踪事件の捜査に乗り出すが、それは秋山が最後に追っていた事件でもあった――。

急激な海面上昇と共に現れた巨大な深海魚、世界中のどの図鑑で調べても乗っていないその怪獣とも呼ぶべき存在には地上の兵器では殆ど傷をつけるすら出来ず、人類は成す術も無く大きくその数を減らしていき遂には海という大きなインフラを失う事になる。 　このまま滅ぶのをただただ待つだけかと絶望の闇を心に落とした人類だったが、新たな海の支配者はある時突然深海へと沈んでいき、その後数十年に渡って姿を現す事は無かった。その間に人類は再び巨大な深海魚による再度の侵攻を事前に阻止する為に深海研究に力を注ぎ、世界中の深海に観測所を設置した。 　しかし既に数年の間深海魚が現れなかった事で人類の心にはもうあんな怪獣は現れないのではないかという根拠の無い余裕が生まれ、深海特有の事故等による命の危険のある観測所へ観測員として着任する事を希望する者は徐々に減少する一方、このままでは再び巨大深海魚が現れた際には今度こそ人類は滅んでしまうと危惧した日本を始めとした国々が新たに法律として制定したのは『ある条件』を満たしている人物を全国民の中から無作為に選び、一年という任期を定めて観測員とするものだった。 　不幸にも白羽の矢が立った、日々の中で小さな変化を見つける事を楽しみとしていた平凡な男は今日もコンビニで新商品と書かれたシールの貼られた変わり映えのしない商品を手に、いつも通りの筈の日常を歩んでいた。