十七世紀・江戸時代初期、日本が急速に鎖国へと向かうなか、平戸藩の通詞・本木継之進は、藩の密命により、商館で出会った自由思想家エンデンとともに、オランダに渡る。二年を超える過酷な船旅を経て、ようやく到着した継之進に、密計を命じた藩主病没の知らせが届く。異国の地で生きることを決意した継之進は、ピーテルと名を変え、エンデンの助けで学資を蓄え大学に学び、オランダ東インド会社(VOC)に社員として職を得る。妻を娶り、生まれた最愛の一人娘・コルネリア。ピーテルは世間の慣習にとらわれず、コルネリアにラテン語と哲学を学ばせ、さらに、『倫理学』に心血を注ぐスピノザのもとへと赴かせた。三十年戦争後のヨーロッパは古い秩序が崩壊し、宗教も政治も社会も新たな激動の中へと突入していく。「どのような時代がこれから来ようとしているか、真正面に見すえるがよい。……そのような時代に、人間が真に幸福であるとはどのようなことか、宗教と国家の関係はどうあるべきか、哲学者の使命は――それを妥協なく洞察することにある」一六七七年の末、スピノザの『倫理学』はついに出版されるが、ピーテル（継之進）には、為すべき事がまだ残されていた。

長崎の旧家でフェルメールの真作が見つかった。新聞記者の森本は、調査で来日したクララと現地へ向かう。そこで見せられた古い手紙、全てはここから始まった。17世紀の偉人たちの秘められた交友と第二次世界大戦の封印された秘密を探る森本たちは、ロスチャイルド家とナチ残党の暗闘に巻き込まれていく──。史実とイマジネーションが緻密に織り込まれた壮大なスケールのミステリ巨編！