時は戦国時代、加賀門徒鎮圧のために織田信長は、越中国と越後国の国境に越横（えつおう）国をつくった。 だが、信長の時代は短く残された越横藩は、生き残りのために「針聞書」なる医学書をもとに新薬作りに取り組むこととなったのだ。この書には、病の元凶となる六十三種の腹の虫に関す事柄が明細に記されていた。 藩医広陵の努力の甲斐あり、新薬ができ上がろうとする間近に広陵の兄である売薬頭の伸介は、薩摩藩支藩の西南藩のお家騒動に巻き込まれてしまった。首尾よくいけば西南藩に販路を与えてもらえるという条件で引き受けた伸介は、腹の虫たちを使い無血でお家騒動を成功させたのだが、口封じのため無惨にも打首となってしまう。　「このままではハラノムシが治まらぬ」と言い残して。 手代の三郎は、伸介の仇を討つため、交配を繰り返し威力を増した「最強のハラノムシ」を携えて、西南藩に単独で乗り込むのだった。