同性愛が許されていた時代から長い年月がたち、同性愛が犯罪とされる今の世界では、同性愛者たちは犯罪者とされていた。 未成年者による同性愛行為がみとめられた場合は、“男女健全基盤基本法”に違反したとみなされ、少年院のような矯正施設「不蘂体聖化院（ふずいたいせいかいん）」、通称「聖化院」に強制送還され、徹底的な教育が施されていた。 15歳の少女、不由美は、同じクラスの少女、しおんを異常なほど愛していた。クラスメイトたちに嫌煙されている不由美とは反対に、しおんはクラスの人気者だった。正反対なふたりだったが、しおんも不由美の愛を受け入れていた。 そんなある日、何者かに不由美が同性愛者だと密告されてしまい、パートナーであるしおんと一緒に聖化院に送られることとなる。 そんな二人を待ち構えていたのは、差別的な聖化院の職員と、様々な過去を抱えた個性豊かな少年少女たちだった。

クラスメイトの彗条千景から呼び出された慶野綺惟香は、「ぼくを殺してください」と告白される。その日から、綺惟香は千景に付きまとわれるようになり…。なぜ、殺してほしいと願うのか？ 永劫に死ねない者――“エテルノ”たちを巡る、愛と憎しみと忠誠の物語。