コーディが９か月ぶりにバークレーへ帰ってきた！　ふたたび５人がそろった「暗号クラブ」のメンバーは、全員で夏休みの「スパイ養成講座」に参加することに。 スパイ養成講座では、本物のFBI捜査官が、変装、尾行、暗号解読などのスパイ技術を指導してくれる。いつも暗号クラブのじゃまをする〈おジャマじゃマット〉や、金髪青い目の美人姉妹がしかけてくる嫌がらせが気になりつつも、スパイの「仕事」の奥深さにどんどん引きこまれていく暗号クラブのメンバーたち。そして、いよいよスパイ講座の最終日。コーディたちは、敵のスパイに扮した人物を尾行し、盗まれた機密情報を取りかえす、という修了テストに挑戦する。コーディたちはあやしい人物を見つけ、ひそかに尾行して秘密の情報をゲットするが、なんとそれは、本物の産業スパイが盗みだした、数億ドル規模の機密情報だった!!　さらに、チームワークが乱れたところを敵のスパイに感づかれ、おジャマじゃマットが誘拐されてしまって大ピンチに！　はたして暗号クラブの５人は、プロのスパイからマットを救出することができるのか!?　 ――実在する都市、大学、組織を舞台に、リアルなスパイの仕事がわかる体験型なぞ解きミステリー。パワーアップして新たにスタート！　大人が読んでもおもしろい!!

サンフランシスコ近郊のバークレー小学校に通うコーディは、暗号をとくのが大好き。いつも《暗号クラブ》のクイン、エム・イー、ルークといっしょに、パズルや暗号をつくったり、謎ときゲームを楽しんでいる。 ある日、おむかいのガイコツじいさんが住む屋敷が火事になった。じいさんは意識不明の重体で病院へ。屋敷の窓わくには、4つの記号がのこされていた。そこへ現れた、あやしげな二人組。 暗号クラブの4人は、ひそかに活動を開始する。暗号がしめすのは、財宝のありか?　それとも――。