第一章　カクレキリシタンとは何か １　カクレキリシタン研究の足跡 ２　「潜伏キリシタン」と「カクレキリシタン」 ３　「隠れキリシタン」か「カクレキリシタン」か ４　カクレキリシタンに対するイメージの転換 ５　潜伏時代とキリシタン崩れ ６　キリシタンの復活とカクレキリシタンの出現　 第二章　カクレキリシタンの分布 １　潜伏キリシタンの分布　 ２　現在のカクレキリシタンの分布　 第三章　生月島のカクレキリシタン １　生月キリシタンの歴史 ２　生月のカクレキリシタン組織 ３　生月のオラショオラショの意義 ４　生月のカクレキリシタン行事 ５　生月カクレキリシタンの神観念 第四章　平戸島のカクレキリシタン １　平戸キリシタンの歴史 ２　平戸カクレキリシタンの分布 ３　根獅子のカクレキリシタン ４　飯良のカクレキリシタン ５　草積のカクレキリシタン ６　下中野のカクレキリシタン ７　春日のカクレキリシタン ８　獅子のカクレキリシタン ９　油水・中の原・大久保・中の崎のカクレキリシタン 10　霊山安満岳 第五章　五島のカクレキリシタン １　外海潜伏キリシタンの五島移住 ２　若松町築地・横瀬のカクレキリシタン ３　若松島有福のカクレキリシタン ４　奈留島のカクレキリシタン ５　福江島宮原のカクレキリシタン ６　福江島のその他のカクレキリシタン 第六章　長崎のカクレキリシタン １　家野町のカクレキリシタン ２　岳路のカクレキリシタン 第七章　外海のカクレキリシタン １　外海キリシタンの歴史 ２　出津のカクレキリシタン ３　黒崎のカクレキリシタン 第八章　カクレキリシタンの解散とその未来 解散後の神様の取り扱い　ほか

230年の長きにわたり、信仰を守った潜伏キリシタン。2018年6月には世界遺産登録も予定されている。しかし本当に彼らはキリシタンを唯一の宗教としていたのだろうか。潜伏キリシタンの驚きの姿を明らかにする。