初恋の君は世界遺産だった―!!　世界遺産(せかいいさん)―それは人類が継承すべき文化と文明の物証。だが数年前から、ごく普通の少女たちとそれら世界遺産が、その存在をリンクするという怪現象が世界各地で頻発していた。　世界遺産を具現化した特殊能力を備える彼女たち“遺産少女”(いさんしょうじょ)が集められた“世界樹学園”(ユグドラシル)に入学した和久三太郎(わくさんたろう)は、そこでかつて心を交わした少女、桜田(さくらだ)・F・ミリアと再会する。　「わたし、サグラダファミリアになっちゃったの!」　一筋縄ではいかない遺産少女に囲まれながら、ミリアを普通の女の子に戻す方法を探す三太郎。そんな中、ミリアを襲う謎の遺産少女が現れ……前代未聞の異能力バトル、いま開幕!