遺跡層におおわれた巨大人工天体｢アポシムズ｣。危険な｢自動機械｣や｢人形病｣に侵された者たちが彷徨う極寒の地表で暮らすエオ、ビコ、エスロー達は行軍訓練のさなか、強大なリベドア帝国の兵士に追われる不思議な少女を助ける。少女から託された｢コード｣と｢七つの弾丸｣、それは世界の運命を大きく変えるものだった……!! 『BLAME!』『シドニアの騎士』の弐瓶勉が描くダーク･アドベンチャー･ファンタジー開幕!

対話不能の異生物・ガウナ（奇居子）に太陽系を破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する、巨大なる播種船・シドニア。シドニアの最下層で育った青年・谷風長道（たにかぜ・ながて）は、衛人（モリト）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛（ツグモリ）への搭乗を許される。長道の命を賭（と）した戦いが今ここに幕を開ける！

極限まで発達したインターネット世界。かつて、そこは『超構造体』に内蔵されたシステム（BIOS）上で起動する『統治局』（OS）が、正規アクセスする人間の要望を完璧に叶えていた理想世界だった。だが、破局が起こり人々はアクセス権を失い、『セーフガード』（ウイルスチェッカー）が容赦なく『駆除系』で不正規アクセス者を排除する、危険な世界へと変容してしまう。探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪し、『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める。