「「不殺の流浪人」がお前を　明らかに弱くしたんだ」
剣心の前に、元新撰組の斉藤一が現れた。実は斉藤は、内務卿・大久保利通の依頼で「抜刀斎」の力量を計りに来たのだ。剣心に「人斬り抜刀斎」の後継者・志々雄真実の暗躍を告げる大久保。だが後日、彼は殺されてしまい―!?

掲載範囲：7巻～8巻

「俺の…弟と村を　志々雄の連中から救ってくれ…」
薫に別れを告げ京都へ旅立った剣心は、道中、御庭番衆と縁がある少女・巻町操と道連れに。二人は、近道のために入った森で、瀕死の兄弟を発見する。彼らの故郷・新月村は、すでに志々雄一派によって占領されたというのだ…。

掲載範囲：8巻～9巻

「「十本刀」が集結し次第　国盗り開始だ」
志々雄一派、剣心、斉藤、そして薫達はそれぞれの順路で京都へ。志々雄は「十本刀」の召集を命じ、着々と国盗りの駒を進める。その手始めが京都大火!!　一方剣心も、師の元で命がけの“飛天御剣流奥義”伝授に挑んでいた。

掲載範囲：9巻～13巻

「みんなで一緒に　東京に帰ろうね」
京都大火と東京砲撃計画を阻止した剣心は、左之助・斉藤とともに決戦の場である志々雄のアジトへ向かう。残る薫と弥彦、操達もまた、十本刀の襲撃に備えるのだった。それぞれの信念―そして、国の命運を賭けた闘いが始まる!!

掲載範囲：13巻～18巻