世界の裏側で暗躍する《魔術師（メイジ）》。魔法の力の源となる《魔晶石（クォーツ）》を求め、日夜抗争を繰り広げる彼らは、良質な《魔晶石》を産出する 『工房』 を賭けて、ある学園を舞台に《魔法戦争（ブラックアーツ）》を開始した。　《魔術師》の父を持ちながら魔術の才に恵まれず、また《魔術師》の世界を嫌い、日常に身を置いていた少年・三九郎（さんくろう）は、幼馴染みの少女・ねねこと共にその 『戦争』 に巻き込まれてしまう。かつての友や、本性を表した教師が敵に回る中、果たして生き残る道はあるのか？ そして何も知らない一般人のねねこを守り切ることが出来るか!?　野望と陰謀に満ちた、学園魔法バトルロイヤルが幕を開ける!!