レトロウイルスの進化形、HIV-4に感染した母親から生まれた子供〈ミュウ〉。額の瘤が特徴で、生まれながらに「第三の目」と呼ばれる持つ特殊能力を備えている。それゆえ社会への適応力を欠き、悪魔が人間の腹を借りて生まれたと言われていた。〈ミュウ〉を抹殺しようとする勢力と保護する勢力に二分する世界。かつて優秀な傭兵だった日系人シド・アキヤマは、ミュウ・ハンターとして、保護陣営の厚生省特別防疫部隊と戦闘を繰り広げていた。そこに同じミュウ・ハンターのアメリカ人、ジャック・バリーが現れ、アキヤマに加勢する。ジャックはアキヤマの傭兵仲間だった。戦いの最中、ふたりはミュウを守ろうとする研究者・飛田靖子と出会う。彼らは人間だという靖子に、アキヤマは困惑し……。