王立学園に聖女見習いの田舎男爵の庶子アイニ・ミッコラがやってきて半年。今学園は混乱の極みにあった。貴族子息である男子生徒たちはアイニの無邪気で天然な可愛らしさに翻弄され、女子生徒たちはアイニの貴族マナーを無視した振る舞いに困惑し憤りを覚えていたからである。そんな中、巷で流行の物語になぞらえて「悪役令嬢」と呼ばれることになった三人の令嬢たちがいた。王太子の婚約者で清廉な侯爵令嬢セラフィーナ。商売で裕福な子爵家の気高き令嬢サンドラ。現宰相の侯爵家の聡明な令嬢ベルナルデッタ。いつしか学園内に不穏な空気が漂い始めた時、彼女たちがついに立ち上がる！　アイニの間違いを正し、古めかしい因習に囚われた貴族社会を変えるために。 これは三人の「悪役令嬢」たちと聖女見習いが繰り広げる、女たちの生き様をかけた戦いの記録である――。