エスカリス＝ミーミル──ここは砂洪水《フラッド》と呼ばれる現象から逃れる為に、多くの人々が機動城砦という移動型都市で生活している砂漠の国。地虫《バグ》と呼ばれ蔑まれる砂漠の民の少年ナナシは、機動城砦に攫われた義妹キサラギを救うべく、単身城砦都市サラトガに潜入するが、街で遭遇したサラトガ伯ミオに変質者と間違われた挙げ句、銀嶺の剣姫セルディスの力によって捕えられてしまう。自身の処遇を決める場で、妹を攫ったのはサラトガが追っている別の機動城砦ゲルギオスである事を知ったナナシだったが、砂漠の民が有する砂洪水《フラッド》の発生を予測する能力に目を付けたミオによって、ゲルギオスまで連れて行ってもらう代わりにサラトガへの協力を命じられるのだった。こうして少年は城砦都市間の勢力抗争に巻き込まれていく……。