花園学園中学校、略して「花中」の探偵クラブは、創立時から存在する伝統あるクラブ。現在中2の部長・神保雷太を中心に、個性豊かな部員たちが活動し、学園におこる怪事件を解決していきます！真夜中、ドアを強くノックするような音に悩まされていた担任の松坂先生の家に、科学的な分析の得意な部員の橋本健介と泊まって、怪現象をスピード解決！　一躍有名になった探偵クラブに、今度は男子中学生の幽霊を見たといううわさや、学校近くの民家から、真夜中に音楽室で毎夜ピアノの音がするという通報があった。「すべての事件には動機がある」をモットーに動き出した探偵クラブだったが、何年も前に亡くなった生徒の名前の答案用紙が雷太の家のポストに入っていたり、顧問の大泉先生のカギをかけた机から数学のテストの答案用紙が消えたり、美術室の椅子が不思議な形に並べられていたり、と謎は深まるばかり。さていよいよ神保雷太の名推理が冴え渡ります！