アルファの医師・香月とオメガの心理カウンセラーの千晶、二人の間に生まれたアルファの真尋とベータの美智瑠の兄妹――オメガの瑠佳は八歳の時にこの香月家に引き取られ、以来十年間、家族として暮らしてきたが、一年ほど前ついに真尋と番の絆を結ぶに至った。今は二人は同じ大学の二年生。大学近くのマンションで一人暮らしをする法学部の真尋のもとを、通信制で心理学を学ぶ実家暮らしの瑠佳がスクーリングのたびに訪れ、甘い逢瀬を楽しむという日々を送っている。香月家の養子ではあるが籍は入っていない瑠佳なので、真尋としては一日も早く二人で一緒に住みたい、そしていずれは両親のように入籍を…と考えているのだが、瑠佳の方は煮え切らない。というのも、二人の関係を知らない、まだ十三歳の美智瑠が家でただ一人のベータであるがゆえに疎外感を覚えてしまうのではないかと危惧しているのだ。そんな折、突然美智瑠がバレエの海外留学をしたいと言いだした。唐突な申し出に戸惑う家族たち。そして、悩みを抱える瑠佳の前に現れたのは…。

アルファとオメガの番である医師の香月と心理カウンセラーの千晶、そして二人の間に生まれた真尋と美智瑠の兄妹――両親から虐待を受けていたオメガの瑠佳は、八歳の時に同級生の真尋に助けられ、そんな香月家に引き取られた。それから十年、修道会のフリースクールに通いながら幸せに暮らしてきた瑠佳だったが、まもなくヒートを迎える年齢が迫ってきたある日、一つの決断をする。それは香月家を出て修道院に入ること。瑠佳にとって常に自分を守ってくれる真尋は唯一無二の愛しいひと。だがアルファとしてこれから社会のトップに立っていく真尋のそばに自分がいてはいけない。愛する香月家の皆の重荷になってはいけない。悩む瑠佳だが、そんな折、偶然にも真尋の出生の秘密を知ってしまい衝撃を受けて……。真尋と瑠佳――若すぎる二人のピュアな恋の行きつく先は……？

公務員上級試験をトップで通り、鳴り物入りで警視庁に入った後、超エリートとして順調に昇進。二十九歳にして警視の肩書を得た綾瀬尚登。沈着冷静、時に冷酷非道。ついたあだ名が「アンドロイド」――そんな綾瀬が失態を犯し二階級降格となって異動した先は、警視庁公安部外事課。いわゆるスパイ狩りの部署である。さっそくロシア人スパイの追尾に駆り出されることになった綾瀬は、日本人離れした美貌と体躯を持つ上司、瑞木警視正の度肝を抜く捜査に振り回されるはめに…。端整な顔立ちに似合わぬ伝法な物言いや傲岸不遜な態度。瑞木によってプライドを粉々され、否応なしにコンプレックスを引きずり出され…。とまどい反発しつつも、次第に瑞木という「危険な迷宮」に嵌まっていく綾瀬。そんな折、ロシア人スパイが内閣調査室の職員と接触を始め、追尾は新たな展開を迎えるが…。

オメガの心理カウンセラー・千晶は苦難の道を経て、運命の相手であるアルファの医師・香月直哉と結ばれた。今では小学三年生の真尋と一歳になったばかりの娘・美智瑠と四人、穏やかであたたかい家庭を築いている。思いやりに溢れた直哉、そして賢く正義感の強い真尋に守られて幸せな日々を送る千晶だが、一歩外に出ればいまだに男性オメガに対する偏見は強い――真尋の授業参観の一件でそれを実感する千晶だった。そんな折、真尋に友達ができ、家に遊びにくることになった。やってきたのは女の子と見まがうばかりの美少年・瑠佳。大人びた印象の瑠佳だったが、千晶はそんな彼にどこか怯えているような不安に苛まれているような感じを抱く。もしかするとこの子はオメガなのか…。両親から疎まれていた子供時代の自分と重ね合わせ心配になる千晶。それからまもなく学校である事件が起きる…。