田口善弘のレビュー一覧

高校生の子供に、地球からボールを投げて、重力から自由になるのは、垂直方向か水平方向のどちらの方が簡単かとクイズを出されて、もちろん垂直方向と答えたら間違ったので、読み始めた本です。
水平方向なら時速約2万8500キロ、垂直方向なら11.2キロ秒（約4万0320キロ）らしい。空気抵抗を考慮したら、垂直...続きを読む方向に分があるから、ロケットは垂直に飛ばすのだと思うけれど。たぶん
しかし、読み進めるのが大変。

入門書、とひとくちに言うが、私は大きく二つのパターンがあると思うのだ。
一つは文字どおりの入門、これを学ぼう、とおもったときにとりあえず最初に読んで輪郭を掴むためのもの。
もう一つが、あれこれ読んでみたがどうも全体像がわからんなー、というときに立ち返って読んでみるとやたら頭が整理されるもの。
私にと...続きを読むって本書は明らかに後者であった。

機械学習が、乱暴に言えば「予測の精度」を上げることを目的にしているとして、特に近傍法や線形回帰、決定木など、なんだかんだ言ってもロジックが背後にある手法から、深層学習という「なぜかできてしまうが、最終的に理屈は不明」な世界へのジャンプは、わからないなりにこれまでとは違う手触り感で納得できた。

まったくもってこの領域は、少なくとも文系軍団にとっては、体系的理解への「終わりなき旅」ですなー

生命現象をデジタル情報処理系として見るという見方がとても面白かった。

DNAは磁気テープ、SNP=バグ、がんのメチル化はがんによるクラッキング、誤り訂正機構もある、などなどコンピュータのアナロジーで説明されるのは新鮮。
また、とりあえずゲノムを全部読むというのも、情報科学では当然の発想でも生物科学...続きを読むでは違ったとか。

膨大なゲノム情報を解析するのにコンピュータが必須になったことで、これから生物学と情報科学の重なる分野が物凄く面白いことになりそうな予感を感じさせる本だった。

もっと詳しく知りたい！という刺激をすごく与えてくれた。

セントラルドグマから始まり、タンパク質の働き、細胞の分化、エピジェネティクス等の精巧な仕組みが、進化の過程で作り上げられてきたことを考えると、驚きと奇跡としか思えない。何気なく生活している中では全く実感できない細胞内でのデジタルな営みがダイナミックに繰り返されているそれこそが生命という不思議。

遺伝情報の保存庫DNAから特定のRNAが読みだされる。RNAの核酸3文字からなるコードをアミノ酸に読み替えそのアミノ酸を順番につなぐことでプロテインができる。つながれたアミノ酸がもつ電荷などのため、できあがったプロテインは特定の3次元構造をとり立体的な構造物として生体分子として働く・・・いわゆるセン...続きを読むトラル・ドグマ。

たとえば音楽CDにおいて、デジタル化して保存された情報を読み出し出力変換して最終的に人間が聴くことのできる音として出力しているメカニズムのアナロジーとしてとらえてみれば、セントラル・ドグマはまさにデジタル―アナログ変換に他ならない。

そういうデジタルな処理系として分子生物学を眺めてみると・・というのが本書。言われてみれば確かにそうだと思うことばかり。さらに、少しでもプログラムをバグると動かなくなるコンピューターの繊細さ（Fragile）に比べて、少々の読み間違いやバグ（SNP：1塩基が入れ替わった状態）があってもなんとか動かす頑強さ（Robust）、そればかりか、バグもまた進化のタネになったりする。

ゴミみたいなものと思っていたmiRNA（マイクロRNA）がまさにデジタル信号としてDNA→RNA、RNA→プロテインの制御にさまざまにかかわっている。さらにlncRNAや環状RNA、そこからプロテインの3次元構造（ここらが最先端でなかなか解明されなさそう）と読み進めば、なるほど生体とは複雑すぎて人間の理解を凌駕したデジタル構築物なのだ。

読み終わると、赤血球や細胞や細菌のイメージからくる生もの感から離れて、何とも自分の中に広がるデジタル世界を感じて不思議。

AIの非専門家向けに数学を使わない入門書を探していて本書を見つけた．たまたまX（Twitter）で知り合いの先生の著書．後ろに行くほど新しい内容で，私個人としては面白く感じた．全般的に広く網羅しているので，非専門家が雰囲気を知るのに適切な本である．

なるべく数式を使わずに機械学習について解説してくださる本。映画の話が例えになっているのは内容に入りやすい。とはいえ基礎知識及び読解力、理解力が中学生を遥かに下回る有様な自分には難しい内容であった。
Ｋ近傍法、主成分分析、他次元尺度構成法、線形回帰、比重和、最小二乗法、線形判別、交差検定、過学習、ロジ...続きを読むスティック回帰、マルコフ過程、決定木、ベイジアンネットワーク、カーネルトリック、深層学習、ニュートラルネットワーク、パーセプトロン、ＣＮＮ、ＢＥＲＴ、モンテカルロツリーサーチ、ＧＡＮ、量子暗号…
自分の低脳さと勉学の必要性を気づかせてくれたことに感謝したい。
巻末にお勧めの本の記載があるのも嬉しい。

数学の数式を使わずに機械学習について書かれた一冊。
途中の過程が分からずに、もやもやする部分もありますが、そういう前提でもあるので、概要を捉えるにはわかりやすい一冊だと思いました。

確率の話から始まり、二次元、三次元などの空間の話から始まり、画像認識や、穴埋め問題、翻訳の話などがあります。特に画像...続きを読む認識の、隣接するセルの重み付けをして計算する話などは、情報処理のアルゴリズムの問題にも出ましたので、馴染みがあったり。

機械学習が、元は物理学の世界から始まったと言うのが初めて知る内容でした。

いまの生命科学の到達点がわかる内容。昔、教科書で学んだ内容から著しく進歩していると感じた。
DNA→RNA→タンパク、そして代謝をそれぞれ解説した後、これらを統合的に分析するマルチオミックス解析を紹介。この内容が5年後、10年後にどのように書き換わっていくのか今後の研究成果に期待。

面白かった。切り取られた断片から映画の全編を復元するようなもの、といった喩えはこの分野の難しさをよく表現しているように感じた。因果推論、原因を徐々に掘っていくことがこれからますます大事になっていきそうです。

生物の設計図はDNAなのだからデジタルなのは当たり前だと思っていたが、その仕組みはまだ解明されはじめたばかり。わからないことだらけだということがわかった。

DNAから連なるRNA、タンパクの生成をデジタル情報というアプローチから扱った書籍。
デジタルとDANの類似性というのは言われてみればその通りなのだが、この書籍のタイトルを見かけるまでは発想がなかった。
DNAの構造は二重らせんと言われるが、言ってみれば長い紐であり、そこから生成されるタンパクも紐か...続きを読むら形成される。この紐からタンパクの立体構造が生成されるわけだが、これを3Dプリンタに例えているのが分かりやすかった。少し前に、NHKのサイエンスゼロでDNA折り紙の話が取り上げられていた、この話も関連するだろう。
デジタル情報としDNAを見た時のロバスト性という視点も面白かった。ロバストに対比される言葉がフラジャイルである。人間がコーディングするプログラムの多くはフラジャイルである。つまり、一箇所でも不具合があるとシステム全体が機能しなくなる恐れがある。
一方で、 DNAの情報はロバストであり、一部に誤りがあってもシステムとしては機能する様な冗長性がある。このことも他書で知ってはいたが、この様なシステム面からの視点でまた違って見えるというのは面白い。
過去には意味がないとされていたDNAやRNAにも意味が見出されてきているということも、紹介されておりこの分野は進展している様でまだまだわからないことも多いと感じた。

「生命はデジタルでできている」、なんとセンセーショナルなタイトルだろうか。
知覚に閾値が存在すること、DNAが記号の羅列からなること。そしてなによりアナログにものを扱うことの難しさから、処理系がデジタル(離散的、という表現のほうがよいのではと個人的には思っている)だというのはなんとなく合点がいった。...続きを読む

それにしても、まだまだ未知の領域があり現在進行形でアップデートされている学問のなんとエキサイティングなことか。
生物学に関しては門外漢であるため理解が及ばない点も多々あったが、ざっくりとした理解と発展し続ける研究への期待感をもつことができた。

生命はデジタルでできている、って最初見たときタンパク質のアミノ酸配列は、4種類の塩基の3つの並びでコードされている→デジタルなの言うまでもないじゃんと思っていた。あと転写や複製を行うための特殊な塩基の並びもコードだよねと。

しかしほとんどのDNAのデジタルデータはランダム或いは再初期化されていない...続きを読むノンコーディングなジャンクだとされていたのが、実はDNAからノンコーディングなRNAへの転写が次々に行われ、様々な制御を行っているなど、脇役どころかRNAたちの世界、トランススクリトームは細胞システムの主役のひとりであった、というのは大きな驚きだった。
RNA ワールドは、現在の生物の中にしっかりあるんだという衝撃。

ただ、分子内・分子間結合をクーロン力でひとからげに説明しているのは、ピュア物理学でいえばそうなのだろうけれど、言葉足らず的でわかりにくい。共有結合、水素結合、ファンデルワールス力による結合といった結合力の階層が、生命・デジタルの関係においても重要であるのに。

あとタンパク質を本書では、一貫して「タンパク」と記していたけど、呼び方が変わったのかな？あと調べてみよう。

第一部：力学編、第二部：電磁気学編、第三部：熱力学編、第四部：波動編、第五部：原子・分子編。絵や図解でなるべく分かりやすくと解説がされている。「なーんだ、そうだったのか！」とはなかなか思えないけどね（汗）筑摩新書の「やり直し高校物理」も前に読んだんだったな…。

数学的概念はイメージが重要なんだけど、そこはすごく良い本だと思う。イメージは、人によって、誰に教わったかによって、結構違うので、個人的にも、なるほどそーゆーイメージか、という気づきがあって良かった。ただ、深層学習の冒頭部分の歴史認識とか用語は、自分の認識と違ってた。

物理学者であるシュレディンガーは、生命とは何かという著作を残し後進に多大な影響を与えた。物理学科の先生が生命とデジタルとの親和性の高さをあらゆる事例を紐解きながら解説する。のびのびとした内容に著者の情熱が感じられた。これからこの分野を目指す方に良いかも。