「抜刀斎の左頬に　まだ十字傷は有りましたカ？」
志々雄一派との決戦後、東京に戻った剣心達は平穏な時を過ごす。ところがそんな中、赤べこなど剣心と関わりのある場所が襲撃される事件が!!　現場に残された「人誅」の二文字に、剣心は、過去と対峙する時が来たことを悟る…。

掲載範囲：18巻～19巻

「あなたは本当に　血の雨を降らすのですね…」
人誅の首謀者は雪代縁―剣心のかつての妻・巴の弟。縁は、抜刀斎への復讐の念だけで生きてきた。剣心は薫達に、縁との因縁を語り始める。それは、人斬り時代の凄絶な過去と、左頬の十字傷に刻み込まれた哀しい記憶の話だった。

掲載範囲：19巻～21巻

「さあ　人誅の完成の始まりだ―」
縁の通告通り、再会から十日後、抜刀斎に恨みを持つ者達による神谷道場総攻撃が始まった。左之助・弥彦・斉藤がそれぞれ敵を撃破する中、剣心と縁の決闘が幕を開ける。だが、縁の“真の狙い”は、剣心の命ではなく―!?

掲載範囲：21巻～24巻

「「答」を見つけて立ち上がるのは自分自身に他ならない―」
薫を守れなかった自責の念で、剣心は「落人群」へとその身を落としていた。一方弥彦は、上京した操・蒼紫とともに薫の行方を捜し続けていた。そんな時、捕縛されていた人誅メンバーの一人・鯨波が暴走、町を破壊し始める!!

掲載範囲：24巻～26巻

「拙者に力を貸してくれ」
自分の中の“唯一捨てられない真実”に気付いた剣心は、自らの足で再び立ち上がる。そして、仲間とともに薫救出へ！　剣心の復活を知った縁もまた、憎悪をむき出しにして迎え撃つ…。償う者と罰する者―積年の因縁、ついに決着!!

掲載範囲：26巻～28巻

「構えろ弥彦　一本勝負　いいな」
神谷道場での穏やかな日々が戻ってきた。やがて恵や斉藤、蒼紫、操、左之助達は、それぞれの道を歩き出す。そして数年―。弥彦は神谷活心流師範代を務めるまでに成長していた。ある日剣心に呼び出され、道場に向かうと…!?

掲載範囲：28巻