貴族には『恩寵（ギフト）』と呼ばれる特殊なスキルを与えられる中央クロイデル王国。 成人の儀式において最低等級のスキルを発現してしまった少年リンツは、貴族から下男へと身分を落とされた上、上級スキルの保持者が集まる夜会で笑いものにされる。 だが、その夜会の最中に反乱が勃発。 貴族に不満を抱いた者たちが仕掛けた『スキルを反転させる呪い』が発動すると、上級スキルは底辺スキルへと変化する逆転現象が起こってしまう。 夜会の現場にいたリンツは、黒幕がうごめく反乱や隣国の陰謀などに巻き込まれていく。 スキル反転で運命が変わる逆転革命ファンタジー、開幕！

エスカリス＝ミーミル──ここは砂洪水《フラッド》と呼ばれる現象から逃れる為に、多くの人々が機動城砦という移動型都市で生活している砂漠の国。地虫《バグ》と呼ばれ蔑まれる砂漠の民の少年ナナシは、機動城砦に攫われた義妹キサラギを救うべく、単身城砦都市サラトガに潜入するが、街で遭遇したサラトガ伯ミオに変質者と間違われた挙げ句、銀嶺の剣姫セルディスの力によって捕えられてしまう。自身の処遇を決める場で、妹を攫ったのはサラトガが追っている別の機動城砦ゲルギオスである事を知ったナナシだったが、砂漠の民が有する砂洪水《フラッド》の発生を予測する能力に目を付けたミオによって、ゲルギオスまで連れて行ってもらう代わりにサラトガへの協力を命じられるのだった。こうして少年は城砦都市間の勢力抗争に巻き込まれていく……。