江戸時代末期、武蔵（関東）と甲斐（山梨）の境にある大菩薩峠にフラリと現れた机竜之助は、罪なき女巡礼をいきなり犯し斬殺する。「理屈じゃねぇんだ、斬ってみねえとわかんねえモンあるって言うじゃねぇか！」とうそぶき、不敵な笑みを残して去って行く。一体、何のためにこんな極悪な所業を！？　机竜之助とは何者か……？

宇津木道場門下生３０数名を惨殺した机竜之助は、その刹那、天罰のような雷に倒れ、そして消えた。だが、斬殺者・机竜之助の噂は、名を上げるための殺し屋たちの耳にも早々に届いていた…。しかし、竜之助を追うのは、殺し屋ばかりではなく宇津木文之丞の弟・兵馬も仇討のために追跡し始める。一方、お松と七兵衛は、お松の身寄りを訪ねるため江戸に向かったのだが……。

炸裂する極悪所業!　こんな破壊的なヤツ見た事が無い!　菩薩だろうが、閻魔だろうが、善だろうが、悪だろうが、斬りてぇヤツは斬る!　殺戮を呼ぶ魔性の剣に魅せられた暗黒剣士・机竜之助!　修羅道まっしぐらの時代劇ダークサイドヒーロー・ロマン!　「大菩薩峠の歌」を自ら作詞作曲した宮沢賢治をはじめ、芥川龍之介、谷崎潤一郎、泉鏡花、菊池寛らの日本文学史を彩るそうそうたる作家が絶賛した中里介山の伝説の小説が、百年の時を越え平成の劇画王・ふくしま政美の超劇画で甦る!　小池一夫を監修に迎え、グレードアップした第二章がついに第三章へ!　妖刀村正を手なずけた斬殺剣士・机竜之助。死人流の極意を会得し、竜之助と対決する宇津木兵馬。兵馬を助けるお松と裏宿の七兵衛!　作画家・ふくしま政美の筆致もさらに鋭く勢いを増し、まさに平成の超時代劇画の大爆発!

兄・宇津木文之丞の仇を討つため、江戸にやって来た兵馬は、机竜之助と同じ「音無の剣」なる技を操るという高名な剣客、高柳又四郎に指導を願い出る。無欲恬淡とした高柳又四郎だが、兵馬の熱き剣魂と深い事情にその願いを聞き入れる…。一方、狂気地獄に落ちたかと思われた竜之助は、究極の剣は、究極の音にあるのではと……だが、大道無門に生きる竜之助に剣の道などあるはずもない……。