長く人間に支配されていた動物たちは、人間と伍すだけの知能を得て独立した。 しかしかつての支配者である人間たちはそれを受け入れることができず、戦争を起こした。 長く続いた戦闘jの後、西暦2333年、動物と人間との間は冷戦状態にある。 動物王国の首都・動物城にある、街一番の探偵・ブレーメンのもとに、和平派・ワニのネロ将軍がやって来た。 人類から派遣された親善大使が殺害される殺人事件が発生したという。 いち早く真犯人を見つけ正しく公表しなければ戦争勃発につながりかねない。人間も動物も休戦の期間中も超兵器の開発に取り組んだため、今戦火を交えたら、世界は消え去ってしまう。 ブレーメンはネロ将軍ととともに調査に乗り出した！