人類の前に突如現れた正体不明の生体兵器『敵（エネミーズ）』。その圧倒的な攻撃を受け、世界は壊滅的に蹂躙され、人類の滅亡はもはや秒読みだった‥‥。 しかし、一人の少年が現れる。彼はたった一人で戦地に赴き、世界を救って姿を消す。人類は彼を「救世主」と呼び、その再来を熱望するようになった。 そして3年後、戦闘要塞都市「アラヤシキ」にて記憶喪失の少年・神代カイルが保護される。謎に満ちた少年に襲いかかる強大な『敵』。その絶望的な破壊力の前に、立ち向かう彼の正体とは！？神か悪魔か‥‥神代カイルが齎すのは希望の未来かそれとも！？ 『文豪ストレイドッグス』朝霧カフカが熱筆した本格バトルＳＦ小説を、『さよならピーターパン』坂野杏梨が怒涛のコミカライズ！

その世界では、子供は親を知らず、大人を知らない。まだ見ぬ大人社会に、いよいよ旅立つその日、惨劇は起こった。峻別され、殺されていく少年たち。ごく一部の有能な個体以外が廃棄されていく中、少年たちを救ったのはロボット、｢ピーターパン｣。この残酷な大人社会を変え、自分たちの尊厳を守るため、少年たちの戦いが幕を開ける!