2015年4月6日、沖縄を含む南西諸島をマグニチュード8.5 の大地震が襲った。その直後、与那国島の南部沖に巨大な新島が出現。事態は、領有権を巡る周辺国との一触即発が懸念される状況となった。マラッカ海峡の海賊掃討に向かうため近海を航行していた海上自衛隊特別派遣艦隊は現場に急行する。本土との通信が途絶え、周囲には戦時中の暗号電が飛び交う状況に、艦隊司令の津島海将補は調査を実施。だが、その時すでに沖縄地方は70年の時を越え、太平洋戦争末期へと時空転移していた。時は4月6日、沖縄は米軍の大攻勢の前に風前の灯火。片道特攻に出撃した菊水部隊の旗艦『大和』が撃沈される、まさにその前日だった。沖縄には陸海空自衛隊も在日米軍もいる。しかし米軍を迎え撃つには、それだけでは心許ない。津島海将補は菊水部隊と共同して米軍にあたることを決意、『大和』を救うべく艦隊を坊ノ岬沖へ向かわせた…。

昭和16年12月、真珠湾攻撃によって米太平洋艦隊の主力を壊滅させた日本は、直後ウェーキ島とグァム島を攻略、占領に成功した。太平洋の支配力において劣勢に立たされた米軍だが、大統領に反撃作戦の立案を厳命された海軍のキング作戦部長は、陸海軍の作戦参謀からヒントを得てある奇策を思いつく。それは、空母から陸軍の長距離爆撃機を発進させ、日本本土を奇襲爆撃するという作戦だった。一方、脆弱な本土東方海域の防衛に危惧を抱く山本五十六聯合艦隊長官は、徴用漁船だけで編成されていた監視隊・黒潮部隊の増強を指示。第二戦隊の戦艦四隻を配備すると同時に、インド洋作戦に向かう南雲機動部隊から『飛龍』『蒼龍』を分派し、強力な警戒線構築に乗り出す。逆転を目指し暗躍する米軍と敵空母部隊の殲滅を目論む日本。蒼天に忍び寄る暗雲のもと動き出した日米の壮大な戦略の行方は？

戦術レベルのシミュレーションでは、太平洋戦争で日本が勝つことはできない――この不可避な命題に挑むべく、T大学・太平洋戦争史研究会の柳沢梅人は量子物理学の権威・藤原教授の開発した実験装置によって仮想現実の昭和11年に転移した。柳沢の戦略は大和級戦艦2隻の建造中止と正規空母の量産。さらに航空機とパイロットを充実させることだった。開戦までに多数の機動部隊を編成し、史実では大敗を喫したミッドウェーで米艦隊を撃滅するのがその目的だ。かくして、三個機動部隊によって「MI(ミッドウェー）」ならぬ「鯱（しゃち）」作戦が発動。だが、その戦いは現実を超えた壮絶なものだった。聯合艦隊に俄然有利な状況にもかかわらず、復元を図ろうとする歴史。そして、米軍の史実とは異なる予想外の反撃。史上初の空母決戦に勝利するのは日本か、アメリカか!?異才が贈るシミュレーションを超えた架空戦記、発進！

平成２７年元旦、日本列島は昭和２０年に時空転移する超常現象に見舞われた。 折しもアメリカが日本への無差別爆撃に着手する直前だった。相手が未来日本と入れ替わったことを知らないアメリカは、Ｂ２９戦略爆撃団を発進させる。 対する海空自衛隊は、イージス艦の対空ミサイルとＦ１５戦闘機によって迎撃を試みるが、一機の本土侵入を許してしまい、首都防衛に失敗。その後も繰り返しＢ２９大編隊が日本を襲い、徐々に被害が拡大していく。 アメリカの物量作戦に対し、たとえ最新鋭の未来兵器であっても専守防衛では防ぎきれないと感じた日本は、先制攻撃やむなしとの結論に至り、自ら攻勢に出ることを決意。遂に怒濤の米侵攻軍との死闘が始まった！