汚染物質に覆われた世界で傭兵のカイルが出会ったのは、遺跡の深奥で培養液に浮かぶ少女だった。名前はなく、言葉も上手く理解できない、幼い機械の少女。　「お前に名前は無いんだ。分かるか？」　「ナイン？　わたし、ナイン！」　未知の戦闘能力を備えたナインと、なぜか彼女のマスターとして認定されてしまったカイル。彼らは楽園へと通じているとされるヘブンズゲートを求め、人類に見捨てられた世界を旅することに。　ある時は親子のように、またある時は兄妹のように。そして、ある時は恋人のように。旅の中で変わっていく二人の関係。そして未来へ希望を見出した先に流れる、ナインの涙の理由とは――。　これは世界の終わりに結ばれる、愛の物語。

人類は、大地を見たことがない。　天地を貫く巨大な柱・ターミナルを中心に、彼らは街を造り国を建てた。旧世代の遺構であるターミナルを繋ぎ、空を横断する無数の鋼線。そこにぶら下がるゴンドラに乗り、流浪者（ドリフター）たちは街を行き来して生活する。見渡す限り、一面の蒼。　「警告。危ない、空に墜ちますよ」　そう、これは――俺の知らない世界。　青空に浮かぶ雲海の中、記憶喪失で倒れていた青年・クウガを拾ったのは、天真爛漫な流浪者スズと、彼女に尽くす機械人形（オートマタ）のエア。少女二人と旅をする中でクウガが知る、己と世界の真実とは――。