様々な人種の行き交う、国際的な歓楽街・六本木。華やかな光に覆われた街の裏には、想像がつかないほど深い闇がある―― 警視庁・六本木警察に所属する警視・「クール」は、本名不詳の謎多き男。交渉事をクールにこなし、女性に優しく、キザで、スマートな彼の正体は、東京都知事直轄の特命捜査官・「特命刑事」だった！彼がいかなる危険にさらされようと、警察ならびに東京都は特命刑事の存在を一切認めない。その代わりに、クールには、治外法権も国際問題も関係ない。任務は速やかに、極秘に、徹底的に。特命刑事・クールが、女性初の東京都知事・黒木和美の特命を受け、上司であり、頼もしきパートナーでもあるデカ長と共に、あらゆる事件を華麗に解決して行く……！！