謎の女子小学生、剛腕で大事件を解決する！ 総理大臣が巨額を支払い、某国から手に入れた日本に足りないもの。 スパイ天国と言われる日本に初めて立ち上げられた超極秘諜報組織、その名はヒメ機関という――。 北杉並警察署の生活安全課に配属されている32歳の片山修也巡査部長は、ある事件がきっかけで、署内一、いや東京都区内で最も無気力になったと言われる私服警官だ。 その片山に辞令が下った。 新たな所属部署は、警視庁総務部第八別室。早速、異動先へ顔を出した片山の目に入ってきたのは、想像を絶するふたりの人物だった。 警視庁の裏金12億を横領し、ホステスに貢いだ、“ミスター総務”とまで呼ばれたキャリア組のエリート・美波晃一。そして、7、8歳にしか見えない超絶美しい少女の八代ヒメ。 あまりの驚愕に自己紹介もし損ねた片山は、早くも、警視正という信じがたい階級のヒメに連れ出される。 しかも、現場に向かう車両はただのパトカーではなく、超高級スポーツカー・ホンダNSXだ。 ほどなく現場に到着、ヒメに命じられた片山は、トランクに収納されていた大きな楽器ケースを引っ張り出した。その直後、片山は信じられないものを見る――。

最高の親友は、最強の相棒…！？ 学年一のおバカ・拳動正義と、学年トップの天才・白鐘時夜。正反対にして なぜか大親友の2人の正体は…絶対機密の「少年刑事」だった！？ 世界中から集められた特殊才能を持つ少年少女で組織された シークレット・チルドレン・ポリス…通称SCP。 腕っぷし自慢の正義と、天才頭脳を誇る時夜のダブルの捜査が、 凶悪犯を追いつめる！！どんな事件も絶対解決＆絶対逮捕！ 天才小学生刑事コンビの活躍、ここに幕開け！！！！